为揭示在黑土农田条件下施加丛枝菌根（AM）菌剂对作物根际微生物群落的影响，试验以大豆为研究对象，田间播种时分别施加根内球囊霉（Glomus intraradices, GI）和摩西球囊霉（Glomus mosseae GM）两种AM菌剂，以单施化肥处理（F）和不施加AM菌剂及化肥处理（CK）作为对照，采用传统与现代分子生物学手段，研究大豆根际土壤中菌群结构及根系内AM真菌多样性。结果表明：GI、GM处理的大豆菌根侵染率最高达到78.3%和86.6%；GI、GM、F处理的大豆根际土壤中可培养细菌、真菌和放线菌三大菌群的数量与CK处理相比显著提高(p<0.05)。分离大豆结荚期根际土壤中AM真菌孢子，共获得Acaulospora属真菌3种，Glomus属真菌7种，孢子密度均较低，G. intraradices和G. mosseae均为各自处理的优势种群。对大豆结荚期根系和根际土壤PCR-DGGE图谱条带的丰度及优势条带测序分析，结果表明根际土壤中的AM真菌菌群数明显高于根系中AM真菌的菌群数量，GI处理的大豆根际土壤中AM真菌丰度值最大，GM处理大豆根系里的AM真菌丰度值最大，F处理的根际土壤中总AM真菌的数量最少；施加AM菌剂处理的大豆根系及根际土壤中的优势菌群分别为外源施加的两种AM真菌。